Amasya Genelgesi, Türk milletinin bağımsızlık mücadelesinde önemli bir dönüm noktasıdır. Bu belge, milli egemenlik anlayışının temellerini atarak, halkın iradesinin ön plana çıkmasını sağlamıştır. Ayrıca, ulusal bir kongre çağrısı ile birlikte, milletin temsilcilerinin bir araya gelerek ortak bir amaç etrafında birleşmesini teşvik etmiştir. Böylece, Amasya Genelgesi, sadece bir belge olmanın ötesinde, Türk milletinin kendi kaderini tayin etme iradesinin sembolü haline gelmiştir.

Amasya Genelgesi'nin milli egemenliğe etkileri şunlardır:

• "Milletin bağımsızlığını yine milletin azim ve kararı kurtaracaktır" maddesi ile milli egemenlik ilkesi vurgulanmıştır. Bu, Cumhuriyetin temel ilkelerinden biri olan halk egemenliğinin ilk adımıdır.
• Genelge, ulusal bir kongrenin toplanmasını sağlayarak halkın temsil edileceği bir yapının oluşturulmasına zemin hazırlamıştır.
• Sivas Kongresi'nin toplanması kararı, milli mücadelenin ortak kararlarla yürütülmesini hedeflemiştir.
• Genelge, İstanbul Hükümeti'nin yetersizliğini ortaya koymuş ve milleti kendi azmi ile kurtarmaya çağırmıştır.

Bu etkiler, Amasya Genelgesi'nin Türk Kurtuluş Savaşı'nın siyasi ve örgütsel temelini oluşturan ilk resmi belge olarak kabul edilmesine yol açmıştır.