Başkale Ovası, coğrafi yapısı ve çevresindeki dağlık alanlarla dikkat çeken yüksek bir havza olarak bilinir. Bu özelliği, bölgedeki jeolojik süreçlerin etkisiyle şekillenen özel bir morfolojiye dayanır. Yüksek dağlar ve volkanik oluşumlar, havzanın yapısal özelliklerini belirlerken, iklim koşulları ve su kaynakları da tarım ve yerleşim açısından önemli bir rol oynamaktadır.

Başkale Havzası'nın yüksek bir havzası olmasının sebebi, havzanın tektonik aktivite sonucu asimetrik bir morfoloji kazanmış olmasıdır. Havzayı çevreleyen yüksek kesimler, sıkışma tektoniğine bağlı olarak fay bloklarının yükselmesi sonucunda oluşmuştur. Ayrıca, havzanın kuzeyinde bulunan Yiğit Dağı gibi volkanik yapılar da bu yüksekliğe katkıda bulunmuştur. Başkale Havzası, 2500 m ortalama yükseltiye ve 2082 km²’lik alana sahip olup, Türkiye’nin en yüksek havzası konumundadır.