Akçakese Köyü, tarih boyunca birçok medeniyete ev sahipliği yapmış, köklü bir geçmişe sahip bir yerleşim alanıdır. Anadolu'nun fethinden sonra Türk kültürünün etkisi altında şekillenen bu köy, çeşitli dönemlerde farklı idari yapılar altında varlık göstermiştir. Zamanla değişen yönetim sistemleri ve yerleşik yaşam, köyün tarihi kimliğini oluştururken, köyün adı da bulunduğu coğrafya ile bağlantılı olarak nasıl evrildiğini göstermektedir.

Akçakese Köyü'nün tarihi hakkında şu bilgiler verilebilir:

• 1071 Malazgirt Zaferi 'nden sonra Anadolu'nun Türk hakimiyetine girmesiyle birlikte, Akçakese Köyü'nün de Türkler tarafından iskana başlandığı düşünülmektedir.
• 1463 yılında yapılan tahrir defterinde Akçakese Köyü'nün adı geçmektedir. Bu tarihte köy, Yabanabad (Kızılcahamam) kazasına bağlıydı.
• 1530 tarihli Muhasebe-i Vilayet-i Anadolu Defteri'nde de köy, Çubuk kazası altında listelenmiştir.
• 1830 yılında yapılan kayıtlarda ise köy, Şorba (Pazar Köyü) kazasına bağlı olarak belirtilmiştir.
• 1915 yılında köy, Kızılcahamam ilçe merkezine bağlanmış ve adı Akçakese olarak değiştirilmiştir.

Köyün adının, yakınlarında bulunan ve zamanla kise veya kese olarak anılan bir kiliseden geldiği düşünülmektedir.